如何在南京大学高性能计算中心使用VBOX

2025-10-23 06:52:52

1、按照南京大学高性能计算中心要求,下载表格申请账号,一般两三天就可收到账号密码。

https://hpcc.nju.edu.cn/index.php/single/applyaccount.html

2、下载安装 

Xshell-6.0.0111p (xshell) 

Xftp-6.0.0105p (xftp) 

npp.7.6.4.Installer.x64 (notepad++)

gsv50w64 gs923w64 (gsview)

链接:https://pan.baidu.com/s/154Hkq-faUcnB4ihKG2s5UQ 

提取码:r0o3 

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3、下载完成之后,如图所示,双击按照指示安装完软件。

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4、打开 Xshell,点击确认。

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5、填入南京大学高性能中心的主机和端口号,填入下图:

主机:hpcc.nju.edu.cn 

端口号:8801

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6、点击 用户身份验证,填入南京大学高性能计算中心分配给你的账号和密码,点击连接。

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7、第一次登陆帽柱主机,会有如下图的提示,接受并保存。

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8、登陆之后如图所示,点击 新建文件传输 图标。

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9、Xshell打开国压娃了Xftp,如图所示。

我们使用Xftp实现本机和主机的文件传输。

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10、下载VBOX的官方实例 example

链接:https://pan.baidu.com/s/1bCYXzA3cITksu3jQRl8tCw 

提取码:0h7r 

下载完,利用Xftp将example传输到主机。

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11、完成之后如图所示:

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12、在Xshell中,输入

#进入example目录

cd example

#修改执行权限

chmod a+x ./vboxinstall.sh

#安装vbox

./vboxinstall.sh 

#进入ex1_push目录

cd ex1_push

注意:ls 是查看当前目录的文件,cd 是进入某文件夹。

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13、在ex1_push中输入

vbox push.py

即可完成计算。

这种直接运行vbox的方式,是被南京大学高性能计算中心禁止的,仅可做测试用。我们可以使用lsf任驼施务调度系统运行VBOX,见步骤2。

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1、在Xshell中,进入ex1_push目录,输入

bsub < lsf.sh

即可提交计算。

bjobs

查看计算状态,STAT 为RUN,表明计算提交成功。

输入

bjobs

无返回,说明计算完成。一般,约20分钟即可完成该计算。

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2、计算完成之后将 ex1_push 将其传输到本地电脑。

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3、计算结果保存在data。

output.255997为lsf日志,记录了运行时间。

vboxlog为vbox输出的日志。

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4、data文件夹中的结果如图所示

all_*.dat     文本格式的计算结果,可用notepad++打开查看。 

all_*.jpg 

ball_*.ps     颗粒,可用 gsview 打开。

cforce_*.ps 接触力,可用 gsview 打开。

*.sav           VBOX格式二进制的计算结果。

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5、查看jpg

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