vasp入门到精通[36]查看原子变化幅度(手写脚本)
1、有时候大家会不会想看一下体系优化后的原子变化情况,这一节小编写了个脚本,可以查看每个原子优化前后的位移就是POSCAR与CONTCAR中原子的坐标差
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3、小编用python写了一个脚本,小伙伴们可以直接复制代码,注意缩进哦,python要求一定的缩进情写硎霈规则(就是要注意小编的空格,换行格式)
![vasp入门到精通[36]查看原子变化幅度(手写脚本)](https://exp-picture.cdn.bcebos.com/22c4fe36e29147e836f48ec7b603bbea3f8658a9.jpg)
5、代码内容如下:a=open('POSCAR','r+')b=open('CONTCAR'稆糨孝汶;,'r+')la=a.readlines()lb=b.readlines()numlist=[int(i) for i in la[6].strip().split()]num=sum(numlist)for j in range(8,8+num): numlista=[float(i) for i in la[j].strip().split()] numlistb=[float(i) for i in lb[j].strip().split()] numlist=[x-y for (x,y) in zip(numlista,numlistb)] print numlist注意缩进(就是文本的对齐格式)
6、执行脚本,运行命令:pythondifference.py则会显示位移情况
![vasp入门到精通[36]查看原子变化幅度(手写脚本)](https://exp-picture.cdn.bcebos.com/e3d059e833e039723a170c5fb5863048604356a9.jpg)
8、cat -n check.dat显示每行坐标的行号和位移
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9、喜欢小编的可以订阅哦,下期见!!!
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