用MS给Lammps建模

1、在MS中建模，并使用Forcite分配cvff力场。但是并不需要真的运行计算，选好力场后，关闭窗口保存即可。

2、将所建立的模型导出为.car格式，值得注意的是该过程同时会产生.mdf, 转化过程中也需要这个文件。

3、第一次使用msi2lmp工具，需要进行编译，过程极为简单只要在Linux或者MacOs环境下在msi2lmp的src文件下运行make命令即可。该工具在Lammps的tools文件夹下。编译成功后会得到msi2lmp.exe可执行文件，这个就是我们需要的工具。

4、可以将前面得到的两个建模文件如：calcite.car和calc坡纠课柩ite.mdf两个文件拷贝到上面msi2lmp.ex髫潋啜缅e所在的文件夹下。运行./msi2lmp.exe ./calcite -i -frc ../frc_files/cvff.frc。注意cvff.frc的路径要正确，此外calcite.car或者其他文件名，不要带有.car和.mdf后缀。如果遇到可执行权限问题，可以通过sudo chmod +x ./msi2lmp.exe赋予可执行权限。如果一切顺利你将得到.data文件。

5、需要注意的是只是得到了一个坐标正确，包含分子间成键，键角，torsion的文件，至于力场需要自己进行根据实际情况指定。