PCR实验方法步骤

2025-10-20 20:05:09

1、在冰浴中五蚂,按以下次序将各成分加入一无菌0.5ml离心管中。       

10×PCR buffer                     

5 μl     dNTP mix (2mM)               

4 μl     引物1(10pM)      塑沟             

2 μl     引物2(10pM)                   

2 μl     Taq酶 (2U/μl)                 

1 μl     DNA模板(50ng-1μg/μl)    

1 μl      加ddH2O至 50 μl    

视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。

2、调整好反应程序。将上述混合液稍加离心,立即置PCR仪上,执行扩增。一般:在93℃预变性3-5min,进入循环扩增阶段:93℃ 40s → 58℃ 30s → 72℃ 60s,循环30-35次,最后在72℃ 保温7min。 

3、 结束反应,PCR产物放置于4℃待海汽祝电泳检测或-20℃长期保存。

4、PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100μl氯仿进行抽提反应混合液,以除去石蜡油;否则,直接取5-10μl电泳检测。 

1、 PCR反应体系由反应缓冲液(10×PCR Buffer)、脱氧核苷三磷酸底物(dNTPmix)、耐热DNA聚合酶(Taq酶)、寡聚核苷酸引物(Primer1,Primer2)、靶序列(DNA模板)五部分组成。各个组份都能影响PCR结果的好坏。 

2、反应缓冲液:一般随Taq DNA聚合酶供应。标准缓冲液含:50mM KCl,10mM Tris-HCl

(pH8.3室温),1.5mM MgCl2。Mg2+的浓度对反应的特异性及产量有着显著影响。浓度过高,使反应特异性降低;浓度过低,使产物减少。在各种单核苷酸浓度为200μM时,Mg2+为1.5mM较合适。若样品中含EDTA或其它螯合物,可适当增加Mg2+的浓度。在高浓度DNA及dNTP条件下进行反应时,也必须相应调节Mg2+的浓度。据经验,一般以1.5-2mM(终浓度)较好。 

3、dNTP :高浓度dNTP易产生错误掺入,过高则可能不扩增;但浓度过低,将降低反应产物的产量。PCR中常用终浓度为50-400μM的dNTP。四种脱氧三磷酸核苷酸的浓度应相同,如果其中任何一种的浓度明显不同于其它几种时(偏高或偏低),就会诱发聚合酶的错误掺入作用,降低合成速度,过早终止延伸反应。此外,dNTP能与Mg2+结合,使游离的Mg2+浓度降低。因此,dNTP的浓度直接影响到反应中起重要作用的Mg2+浓度。

4、Taq DNA聚合酶酶:在100μl反应体系中,一般加入2-4U的酶量,足以达到每min延伸1000-4000个核苷酸的掺入速度。酶量过多将导致产生非特异性产物。但是,不同的公司或不同批次的产品常有很大的差异,由于酶的浓度对PCR反应影响极大,因此应当作预试验或使用厂家推荐的浓度。当降低反应体积时(如20μl或50μl),一般酶的用量仍不小于2U,否则反应效率将降低。

5、 引物:引物是决定PCR结果的关键,引物设计在PCR反应中极为重要。要保证PCR反应能准确、特异、有效地对模板DNA进行扩增,通常引物设计要遵循以下几条原则:

⑴ 引物的长度以15-30bp为宜,一般(G+C)的含量在45-55%,Tm值高于55℃[Tm=4(G+C)+2(A+T)]。应尽量避免数个嘌呤或嘧啶的连续排列,碱基的分布应表现出是随机的。 

 ⑵ 引物的3’端不应与引物内部有互补,避免引物内部形成二级结构,两个引物在3’端不应出现同源性,以免形成引物二聚体。3’端末位碱基在很大程度上影响着Taq酶的延伸效率。两条引物间配对碱基数少于5个,引物自身配对若形成茎环结构,茎的碱基对数不能超过3个由于影响引物设计的因素比较多,现常常利用计算机辅助设计。 

⑶ 人工合成的寡聚核苷酸引物需经PAGE或离子交换HPLC进行纯化。

  ⑷ 引物浓度不宜偏高,浓度过高有两个弊端:一是容易形成引物二聚体(primer-dimer),二是当扩增微量靶序列并且起始材料又比较粗时,容易产生非特异性产物。一般说来,用低浓度引物不仅经济,而且反应特异性也较好。一般用0.25-0.5pM/μl较好。

 ⑸  引物一般用TE配制成较高浓度的母液(约100μM),保存于-20℃。使用前取出其中一部分用ddH2O配制成10μM或20μM的工作液。

6、模板:PCR对模板的要求不高,单、双链DNA均可作为PCR的样品。虽然PCR可以用极微量的样品(甚至是来自单一细胞的DNA)作为摸板,但为了保证反应的特异性,一般还宜用μg水平的基因组DNA或104拷贝的待扩增片段作为起始材料。原材料可以是粗制品,某些材料甚至仅需用溶剂一步提取之后即可用于扩增,但混有任何蛋白酶、核酸酶、Taq DNA聚合酶抑制剂以及能结合DNA的蛋白,将可能干扰PCR反应。

7、 PCR循环加快,即相对减少变性、复性、延伸的时间,可增加产物的特异性。

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